本所設下列組、室、中心：
一、育林組。
二、森林經營組。
三、森林保護組。
四、森林生態組。
五、林產利用組。
六、技術服務組。
七、秘書室。
八、人事室。
九、政風室。
十、主計室。
十一、恆春研究中心。
十二、嘉義研究中心。
十三、蓮華池研究中心。
十四、太麻里研究中心。
十五、六龜研究中心。
十六、福山研究中心。