本分署掌理下列事項：
一、農業與自然保育管理所需航測及遙測計畫之擬訂、執行及技術發展。
二、航測與遙測資料之蒐集、處理及控制測量。
三、航測及遙測資料之圖資測製。
四、航測與遙測圖資倉儲管理之規劃及執行。
五、航測與遙測圖資流通供應之擬訂及執行。
六、航測與遙測資料於農業及自然保育管理之判釋、調查及影像應用。
七、航測及遙測相關服務資通安全之執行。
八、其他有關航測及遙測事項。