合歡山研究中心掌理事項如下：
一、合歡山地區生物多樣性之調查、研究、保育、復育、監測及推廣。
二、所轄國有林班地之經營管理相關業務。
三、高海拔地區環境生態、野生物多樣性、種原保育、遺傳、復育及繁殖之研究。
四、其他有關合歡山研究中心事項。