本所設下列組、室、中心：
一、海洋漁業組。
二、水產養殖組。
三、水產加工組。
四、技術服務組。
五、秘書室。
六、人事室。
七、政風室。
八、主計室。
九、淡水養殖研究中心。
十、海水養殖研究中心。
十一、沿近海漁業生物研究中心。
十二、東港養殖研究中心。
十三、東部漁業生物研究中心。
十四、澎湖漁業生物研究中心。