東部漁業生物研究中心掌理事項如下：
一、東部海域漁業之生物生態研究及資源動態評估。
二、東部海域洄游魚類族群動態之研究。
三、東部經濟水產之生物遺傳資源蒐集、種原保存及育種技術研發。
四、東部觀賞水族育種、繁養殖技術之開發及水族生態展示館之經營管理。
五、低溫海水相關之水產應用研究。
六、其他有關東部漁業生物研究事項。