東港養殖研究中心掌理事項如下：
一、經濟魚蝦藻類之種原蒐集及保存。
二、經濟魚蝦類之選種、育種與優質種苗量產及復育生產技術之研發。
三、經濟藻類之選種、培育、量產及復育技術之研發。
四、經濟魚蝦類飼料營養需求、飼料及餌料生物應用之研究。
五、天然物及微生物製劑在魚蝦類健康管理疾病預防之應用研究。
六、其他有關經濟魚蝦藻類繁養殖研究事項。