沿近海漁業生物研究中心掌理事項如下：
一、底棲魚類、浮魚類群聚生態及資源之研究。
二、聚礁魚類生態習性及人工漁場技術之研究。
三、利用聲學技術探測漁業資源之研究。
四、西南海域漁業之生物生態研究及資源動態評估。
五、離岸風機與漁業資源競合之研究。
六、其他有關西南海域漁業研究事項。