淡水養殖研究中心掌理事項如下：
一、經濟淡水魚蝦貝類遺傳資源之蒐集及種原保存。
二、經濟淡水魚蝦貝類種原培育、繁養殖技術與系統建構之研發。
三、經濟淡水魚蝦貝類環境友善養殖之研究。
四、經濟淡水魚蝦貝類飼料營養及健康管理之研究。
五、淡水觀賞水族育種及繁養殖技術之開發。
六、其他有關淡水養殖研究事項。