績效評鑑之作業程序如下：
一、自評：本中心應配合年度決算於會計年度終了後擬具年度績效評鑑自評報告，提經董事會通過後，於評鑑年度次年四月一日前提交海委會。
二、複評：海委會收受績效評鑑自評報告後，應交評鑑會辦理複評；評鑑會複評時，得視需要辦理實地訪視，並參酌績效評鑑自評報告及其他相關資料，加註審查意見或建議事項，以書面送請本中心提出說明後，於評鑑年度次年六月一日前作成績效評鑑報告，完成複評。
三、核定：海委會應於評鑑年度次年七月一日前核定績效評鑑報告，由本中心於評鑑年度次年七月十五日前公告。
前項實地訪視之辦理，應經評鑑會會議決議，並應有評鑑委員三人以上出席實地訪視。