本辦法用詞定義如下：
一、執行單位：指主管機關或受主管機關委託執行海洋生物資源調查或實施保育措施之機關（構）、法人、團體。
二、軍事機關：指國防部及其所屬機關（構）、部隊、學校。
三、補償機關：指依本法執行海洋生物資源調查或實施保育措施人員之所屬機關（構）或委託機關（構）。