依本條例第四條規定，全民健康保險資料諮議會（以下簡稱本會）之任務如下：
一、全民健康保險資料（以下簡稱健保資料）特定目的外利用之管理及監督政策、法令擬訂之建議。
二、健保資料特定目的外利用安全維護措施監督防護之諮詢及考核。
三、申請特定目的外利用健保資料爭議之處理。
四、健保資料經當事人提出停止特定目的外利用或停止提供特定目的外利用爭議之處理。
五、協助主管機關就健保資料之特定目的外利用、管理委託辦理之輔導、評估及監督。
六、其他健保資料相關事項之建議。