本署設下列組、室、中心：
一、綜合規劃組，分六科辦事。
二、大氣觀測組，分六科一站辦事。
三、數值資訊組，分六科辦事。
四、海象氣候組，分六科辦事。
五、科技發展組，分六科辦事。
六、海氣遙測組，分六科辦事。
七、秘書室，分四科辦事。
八、人事室，分二科辦事。
九、政風室。
十、主計室，分二科辦事。
十一、臺灣南區氣象中心，分四科辦事。