本署設下列組、室：
一、產業政策組，分五科辦事。
二、永續發展組，分六科辦事。
三、知識經濟產業組，分四科辦事。
四、金屬機電產業組，分五科辦事。
五、電子資訊產業組，分五科辦事。
六、民生化工產業組，分五科辦事。
七、秘書室，分四科辦事。
八、人事室。
九、政風室。
十、主計室。
十一、資訊室。