本署設下列組、室:
一、政策規劃組,分三科辦事。
二、公司登記組,分五科辦事。
三、商業環境組,分三科辦事。
四、服務發展組,分六科辦事。
五、秘書室。
六、人事室。
七、政風室。
八、主計室。
九、資訊室。