管理科掌理事項如下：
一、新店溪青潭水質水量保護區涉及有礙水源水質水量保護行為之巡防查報。
二、水源保育與回饋費管理及運用事項之小組行政工作。
三、土地使用分區管制要點有關管理事宜之執行。
四、本分署公共用土地之管理、計畫用地之取得、公私有地之處理及水源之涵養。
五、其他有關土地使用管理事項。