水文科掌理事項如下：
一、水文觀測與警報系統之維護及管理。
二、水文分析系統之規劃、建置、管理及維護。
三、資訊系統、資訊安全與資訊設備之規劃、建置、管理及維護。
四、地面水（含溫泉）水權之申請登記及管理。
五、其他有關水文事項。