本署設下列組、室:
一、綜合企劃組,分三科辦事。
二、經營輔導組,分三科辦事。
三、新創育成組,分四科辦事。
四、財務發展組,分三科辦事。
五、秘書室。
六、人事室。
七、政風室。
八、主計室。