各分署掌理轄區內下列事項：
一、水文與規劃基本資料之測驗、調查、統計分析及管理。
二、河川治理、區域排水治理與一級海岸防護計畫之擬訂及執行。
三、河川、區域排水與海堤設施之檢查、維護管理及災害防救。
四、河川區域、區域排水設施範圍與海堤區域之管理、勘測、劃定及調整變更。
五、河川、區域排水與海堤工程之興辦、設計、用地取得、工務行政及監工。
六、其他有關防洪、排水與禦潮之規劃設計、治理及管理事項。