跟蹤騷擾案件保護令執行機關如下：
一、命相對人完成治療性處遇計畫之保護令事項，由直轄市、縣（市）衛生主管機關執行之。
二、禁止查閱戶籍資料之保護令事項，由被害人戶籍地之戶政事務所執行之。
三、其他保護令事項，由警察機關執行之。