第三廳掌理特種公務審計，並辦理下列事項：
一、特種公務審計相關規範之擬議及解釋。
二、總預算附屬單位預算半年結算報告（非營業部分）之查核。
三、總決算附屬單位決算及綜計表（非營業部分）之審核，與審核報告編報作業之擬訂及彙編。
四、特種公務會計制度及有關內部審核規章之會商。
五、其他與掌理業務相關及交辦事項。