秘書室掌理事項如下：
一、施政計畫之擬訂、年度工作報告及政府審計年報籌編。
二、審計會議、部務會報及業務擴大檢討會報等重要議事籌辦。
三、監察院與本部業務協調會報之處理及管考。
四、新聞聯繫及資訊發布事務之執行。
五、重要文件、機要文件、覆核文稿及文書稽催之處理。
六、其他與掌理業務相關及交辦事項。