第48條書記官之職責如下：一、辦理分配事務事項。二、科長或股長指定各該科股職掌內之有關事項。三、長官交辦事項。四、其他有關事項。書記官應服從其配屬庭長、法官之指揮命令執行職務，並應服從依行政法院組織法第十條第三項規定，調至高等行政法院協助法官辦事之地方法院及其分院法官、試署法官或候補法官，於職務權限內之指揮命令執行職務。但該辦事法官、試署法官或候補法官之指揮命令與受其協助之庭長、法官之指揮命令有牴觸者，應服從其配屬庭長、法官之指揮命令。