第12條土地管理處掌理事項如下：一、原住民族土地、海域及自然資源政策、法制之研擬、協調及審議。二、原住民保留地增編與劃編之規劃、協調及審議。三、原住民族傳統領域之調查、研究、協調、劃定、規劃、爭議處理及審議。四、原住民族地區自然資源之管理與共同管理之規劃、協調及審議。五、原住民保留地建築用地統一規劃之協調及審議。六、原住民保留地地權管理、權利賦予與原住民族傳統領域使用之規劃、協調、督導及審議。七、原住民族傳統生物多樣性知識保護之協調及審議。八、其他有關原住民族土地管理事項。