本分院設下列部、科、室：一、內科部，分十二科辦事。
二、外科部，分四科辦事。
三、精神部，分七科辦事。
四、護理部。
五、婦產科。
六、小兒科。
七、放射線科。
八、眼科。
九、耳鼻喉科。
十、麻醉科。
十一、牙科。
十二、病理檢驗科。
十三、復健科。
十四、臨床心理科。
十五、藥劑科。
十六、營養科。
十七、醫務企管室。
十八、社會工作室。
十九、職業安全衛生室。
二十、秘書室。
二十一、人事室。
二十二、政風室。
二十三、主計室。
二十四、資訊室。
臺北榮民總醫院鳳林分院及臺北榮民總醫院臺東分院之業務，由本分院人員派充辦理。
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