本院設下列部、中心、科、室：一、內科部，分十科辦事。
二、外科部，分九科辦事。
三、骨科部，分四科辦事。
四、婦女醫學部，分三科辦事。
五、兒童醫學部，分五科辦事。
六、復健醫學部，分二科辦事。
七、放射線部，分七科辦事。
八、精神部，分三科辦事。
九、急診部，分四科辦事。
十、眼科部，分四科辦事。
十一、耳鼻喉頭頸部，分三科辦事。
十二、放射腫瘤部，分二科辦事。
十三、病理檢驗部，分四科辦事。
十四、家庭醫學部，分三科辦事。
十五、麻醉部，分四科辦事。
十六、口腔醫學部，分四科辦事。
十七、重症醫學部，分二科辦事。
十八、藥學部，分三科辦事。
十九、護理部。
二十、教學研究部，分三科、一組辦事。
二十一、醫務企管部，分五組辦事。
二十二、健康管理中心，分二科辦事。
二十三、高齡醫學中心，分二科辦事。
二十四、癌症防治中心，分二科辦事。
二十五、品質管理中心，分二科一組辦事。
二十六、核醫科。
二十七、皮膚科。
二十八、傳統醫學科。
二十九、職業醫學科。
三十、感染管制室。
三十一、營養室，分二組辦事。
三十二、社會工作室，分三組辦事。
三十三、職業安全衛生室。
三十四、工務室，分四組辦事。
三十五、補給室，分三組辦事。
三十六、總務室，分三組辦事。
三十七、人事室，分三組辦事。
三十八、政風室，分二組辦事。
三十九、主計室，分四組辦事。
四十、資訊室，分四組辦事。
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