電子支付機構之內部控制制度應包含下列組成要素：一、控制環境：係電子支付機構設計及執行內部控制制度之基礎。
控制環境包括電子支付機構之誠信與道德價值、董事會及監察人或審計委員會治理監督責任、組織結構、權責分派、人力資源政策、績效衡量及獎懲等。
董事會與經理人應建立內部行為準則，包括訂定董事行為準則、員工行為準則等事項。
二、風險評估：風險評估之先決條件為確立各項目標，並與電子支付機構不同層級單位相連結，同時需考慮電子支付機構目標之適合性。
管理階層應考量電子支付機構外部環境與商業模式改變之影響，以及可能發生之舞弊情事。
其評估結果，可協助電子支付機構及時設計、修正及執行必要之控制作業。
三、控制作業：係指電子支付機構依據風險評估結果，採用適當政策與程序之行動，將風險控制在可承受範圍之內。
控制作業之執行應包括電子支付機構所有層級、業務流程內之各個階段、所有科技環境等範圍、對子公司之監督與管理、適當之職務分工，且管理階層及員工不應擔任責任相衝突之工作。
四、資訊與溝通：係指電子支付機構蒐集、產生及使用來自內部與外部之攸關、具品質之資訊，以支持內部控制其他組成要素之持續運作，並確保資訊在電子支付機構內部與外部之間皆能進行有效溝通。
內部控制制度須具備產生規劃、執行、監督等所需資訊及提供資訊需求者適時取得資訊之機制，並保有完整之財務、營運及遵循資訊。
有效之內部控制制度應建立有效之溝通管道。
五、監督作業：係指電子支付機構進行持續性評估、個別評估或兩者併行，以確定內部控制制度之各組成要素是否已經存在及持續運作。
持續性評估係指不同層級營運過程中之例行評估；個別評估係由內部稽核人員、監察人或審計委員會、董事會等其他人員進行評估。
對於所發現之內部控制制度缺失，應向適當層級之管理階層、董事會及監察人或審計委員會溝通，並及時改善。
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