內部稽核單位應辦理下列事項：一、規劃內部稽核之組織、編制與職掌，並編撰內部稽核工作手冊及工作底稿，其內容至少應包括對內部控制制度各項規定與業務流程進行評估，以判斷現行規定、程序是否已具有適當之內部控制，各單位是否切實執行內部控制及執行內部控制之效益是否合理等，並隨時提出改進意見。
二、督導各單位訂定自行查核內容與程序，及各單位自行查核之執行情形。
三、擬訂年度稽核計畫，並依各單位業務風險特性及其內部稽核執行情形，訂定對各單位之查核計畫。
電子支付機構應督促各單位辦理自行查核，並由內部稽核單位覆核各單位之內部控制自行查核報告，併同內部稽核單位所發現之內部控制缺失及異常事項改善情形，以作為董事會、總經理、稽核主管及法令遵循主管評估整體內部控制制度有效性及出具內部控制制度聲明書之依據。
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