短期票券集中保管結算機構辦理結算所產生參加人應收及應付之清算款項為新臺幣者，應申請中央銀行辦理之。
但參加人為兼營票券金融業務之證券商者，由其選定一家銀行辦理之。
參加人應收及應付之清算款項為外幣者，其款項結、清算應經主管機關及中央銀行核准經營外幣結算機構及外幣清算銀行辦理；其涉及外匯業務者，並應依中央銀行規定辦理。