本館掌理下列事項：
一、臺灣自然史與文化史之調查、蒐集及研究。
二、典藏制度規劃、藏品管理維護及保存修護。
三、展示空間發展、環境監控、展示主題之規劃、設計、執行及管理維護。
四、教育推廣、行銷與公關、國內外館際交流合作、志工管理及公共服務。
五、館藏史料、圖書與影音資料管理、數位加值運用及出版。
六、其他有關臺灣自然史及文化史業務之推動事項。