目的事業主管機關其他應遵行事項：一、除經中央主管機關核准者外，應委託經中央主管機關許可之檢測機構辦理檢測。
二、底泥採樣布點作業應依下列方式辦理，並於採樣計畫書中說明：（一）底泥採樣點位置應位於具有自然環境代表性或水體環境管理重點工作之地區，並得設置於既設之水質監測站。
另考量水體污染潛勢、流向、均勻分布、涵蓋周界及長期監測等原則得增加設置採樣點，並應說明布點規劃理由。
（二）特定水體水深、流量、水質有明顯變化處，農業、都市或工業污染源注入處，民眾遊憩區域，或有其他特殊考量之地點，並得增加採樣點或採樣頻率。
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