菸品健康福利捐應用於全民健康保險之安全準備、癌症防治、提升醫療品質、補助醫療資源缺乏地區、罕見疾病等之醫療費用、經濟困難者之保險費、中央與地方之菸害防制、衛生保健、社會福利、私劣菸品查緝、防制菸品稅捐逃漏、菸農與相關產業勞工之輔導及照顧；其分配及運作辦法，由中央主管機關會同財政部定之。
前項所定醫療資源缺乏地區及經濟困難者，由中央主管機關定之。