本法所稱主管機關：在中央為衛生福利部；在直轄市為直轄市政府；在縣（市）為縣（市）政府。
本法所定事項，主管機關及目的事業主管機關應就其權責範圍，針對性侵害防治之需要，尊重多元文化差異，主動規劃所需保護、預防及宣導措施，對涉及相關機關之防治業務，並應全力配合之，其權責事項如下：一、社政主管機關：性侵害被害人保護扶助工作、性侵害防治政策之規劃、推動、監督及定期公布性侵害相關統計等相關事宜。
二、衛生主管機關：性侵害被害人驗傷、採證、身心治療及加害人身心治療、輔導教育等相關事宜。
三、教育主管機關：各級學校性侵害防治教育、性侵害被害人及其子女就學權益之維護等相關事宜。
四、勞工主管機關：性侵害被害人職業訓練及就業服務等相關事宜。
五、警政主管機關：性侵害被害人人身安全之維護、性侵害犯罪偵查、資料統計、加害人登記報到、查訪、查閱等相關事宜。
六、法務主管機關：性侵害犯罪之偵查、矯正、獄中治療等刑事司法相關事宜。
七、移民主管機關：外籍人士、大陸地區人民或港澳居民因遭受性侵害致逾期停留、居留及協助其在臺居留或定居權益維護與加害人為外籍人士、大陸地區人民或港澳居民，配合協助辦理後續遣返事宜。
八、文化主管機關：出版品違反本法規定之處理等相關事宜。
九、通訊傳播主管機關：廣播、電視及其他由該機關依法管理之媒體違反本法規定之處理等相關事宜。
十、戶政主管機關：性侵害被害人及其未成年子女身分資料及戶籍等相關事宜。
十一、其他性侵害防治措施，由相關目的事業主管機關依職權辦理。
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