本部之次級機關及其業務如下：
一、疾病管制署：規劃與執行傳染病之預防及管制事項。
二、食品藥物管理署：規劃與執行食品、藥物、化粧品之管理、查核及檢驗事項。
三、中央健康保險署：規劃及執行全民健康保險事項。
四、國民健康署：規劃與執行生育健康、國民健康促進、癌症及其他非傳染疾病之防治事項。
五、兒少及家庭支持署：規劃、執行與協調托育照顧、早期療育、兒少福利與權益保障、家庭支持服務、兒少健康及醫療照護事項。
六、社會發展及長期照顧署：規劃與執行高齡者、身心障礙者權益與福利、長期照顧（護）及國民年金事項。