北、中、南區管理中心掌理事項如下：
一、食品藥物化粧品之輸入查驗、檢驗與報驗發證業務之規劃、管理及執行。
二、食品藥物化粧品之流通稽查與流通檢驗之規劃、管理及執行。
三、地方衛生主管機關食品藥物化粧品稽查與檢驗業務之溝通及協調。
四、食品業者查核業務之規劃及執行。
五、其他有關區管理中心事項。