依本條例第三十四條或第三十六條規定申請輸出入檢疫時，應依下列程序辦理：一、以車、船或航空器載運動物檢疫物輸入者，應於到達時檢送提貨單，等候臨檢；整批多數動物輸入者，應由輸入人或其代理人於到達二十四小時前，填具動物檢疫申請書申報檢疫。
二、以車、船或航空器載運動物檢疫物輸出者，應於規定輸出隔離日數或所需檢驗消毒處理時間以前，運達指定港、站或其他指定場所，由輸出人或代理人申報檢疫。
三、經郵寄輸入之動物檢疫物，其用包裹寄遞者，由海關會同郵政機關通知輸出入動物檢疫機關辦理檢疫；其用包裹以外之郵件寄遞者，收件人應於收到時，隨時申報檢疫。
四、經郵寄輸出之動物檢疫物，應於交寄前申請檢疫。
初生雛、孵化卵、種卵、魚苗、活魚、蝦苗、活蝦及其他中央主管機關指定檢疫物輸出前，應由輸出人或其代理人依本條例第三十二條第二項規定，先向直轄市或縣（市）主管機關申請定期臨檢及合格證明後，向輸出入動物檢疫機關申請檢疫證明書。
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