水利會出納、財物、車輛及宿舍管理，除農委會另定有規定者外，準用行政院相關事務管理規定辦理。
水利會印鑑管理，應達到內部控制目的，各項存款及支票應由會長、主辦主計人員及主辦出納人員共同具名簽章，並由本人或其授權人分別保管。