本辦法施行前已由農業主管機關核准經營農業廢棄物共同清除、處理業務者，應自本辦法施行日起二年內，檢具相關文件，依第四條規定申請核發營運許可證；屆期未申請者，由中央農業主管機關逕予公告註銷之。
經註銷後其未完成之清除處理業務，依第十六條規定辦理。