第44條依前條規定沒入之漁船，係經國際漁業組織列入非法、未報告及不受規範漁撈作業漁船名單者，主管機關得向航政機關辦理登記、廢止登記與註銷船舶國籍證書及相關證書。本條例施行前，依漁業法規定撤銷漁業證照，且為國際漁業組織列入非法、未報告及不受規範漁撈作業漁船名單之漁船，經主管機關限期命其返回國內港口，逾期未返港者，主管機關得沒入漁船，並向航政機關辦理登記、廢止登記與註銷船舶國籍證書及相關證書。