依漁業法第二十一條第三項規定，主管機關為漁業權經營之核准或辦理漁業權登記，得向申請人收取漁業權漁業登記費。
其標準規定如下：
一、漁業權漁業之取得登記，每件新臺幣一千元。
二、區劃、定置漁業權之讓與登記，每件新臺幣一千元。
三、區劃、定置漁業權之合併、分割、變更或繼承登記，每件新臺幣一百元。
四、區劃、定置漁業權漁業之抵押權設定登記，每件為權債額之千分之二。