地方主管機關彙整收取回饋金後，應即繳入中央主管機關所設置之林務發展及造林基金專戶儲存應用。
山坡地開發利用案件涉及農業用地變更回饋金之繳交者，地方主管機關應依農業發展條例第十二條第二項規定，將收繳之回饋金二分之一存入中央主管機關設置之農業發展基金；餘二分之一存入中央主管機關設置之林務發展及造林基金。