直轄市或縣（市）政府應依農業主管機關受理申請許可案件及核發證明文件收費標準規定，向申請人收取行政規費。
依第十一條規定核發之農業用地作農業使用證明書以一份為原則，申請者為同一申請案件要求核發多份證明書時，其超過部分應另收取證明書費，每一份以新臺幣一百元計算。