企劃組分設三科，各科掌理下列事項：
一、企劃科：
（一）農糧產業發展政策之研擬、協調及督導。
（二）中長期農糧發展計畫方案之策劃、審核及協調。
（三）施政方針與施政計畫之研擬、策劃及督導。
（四）本署施政報告與重要措施成果之彙編及協調。
（五）本署農糧產業科技發展與推廣計畫之綜合協調及彙辦。
（六）關於本署協助辦理國際與兩岸經貿事務之協調及彙辦事項。
（七）農業優秀人員、十大經典神農、十大績優農業產銷班獎勵案件之處理。
（八）農業專業訓練計畫之研擬、執行及督導。
（九）所屬各分署業務之綜合聯繫、協調及查察。
（十）其他有關企劃事項。
二、調查分析科：
（一）農糧生產情勢與資源調查之規劃、協調及執行。
（二）農糧產業農情預測執行、分析及督導。
（三）農糧產業受天然災害之查報與救助之策劃、執行及督導。
（四）國內外農糧產業經濟情勢蒐集及分析。
（五）農產品批發市場交易行情資訊之策劃、執行及輔導。
（六）其他有關農糧產業調查分析。
三、資訊科：
（一）本署農糧資訊發展之策略規劃、聯繫及協調。
（二）本署農糧資訊網站、資料庫之規劃、建置、維護及推廣應用。
（三）農業產銷班組織與資訊業務之聯繫、建置、推廣及應用。
（四）有關電腦設置申請之審核、應用諮詢及技術支援。
（五）本署及各分署業務電腦化、資訊與通訊安全之聯繫、輔導及協助。
（六）其他有關農業資訊事項。