秘書室分設二科，各科掌理下列事項：
一、第一科：
（一）營繕工程、財物、勞務之採購及管理。
（二）辦公廳舍及財產之管理。
（三）車輛、油脂之管理調配及電話、水電之保養維護。
（四）辦公廳舍安全及保全系統之監督管理。
（五）技工、駕駛及工友之管理。
（六）款項、票據、有價證券之收支、登記、保管及移轉。
（七）規費、經費收繳及收支款項報表之編製。
（八）員工薪津及其他各項所得之發放與代扣款事項彙辦。
（九）各項所得資料彙整、申報稅款繳交及扣繳憑單填發事項。
（十）立法院、監察院等機關之聯絡及協調。
（十一）本局業務有關新聞與輿情資料之蒐集及分析。
（十二）本局新聞之發布及媒體聯絡。
（十三）人民來局陳情請願協助及協調事宜。
（十四）其他不屬各組室主管事項。
二、第二科：
（一）文書收發分配、繕校及檔案管理。
（二）公文檔案影像掃瞄及資料儲存事項。
（三）公文電子傳送及交換事項。
（四）印信典守及公文監印事項。
（五）公文稽催及管制。
（六）文書及檔案管理系統維護事項。
（七）圖書雜誌與出版品之典藏及管理事項。
（八）機要事務之處理。
（九）其他有關文書及上級交辦事項。