肉品檢查組分設三科，各科掌理下列事項：
一、肉品檢查行政科：
（一）畜禽屠宰場管理政策、法規、方案、計畫之擬訂、策劃、執行及督導。
（二）畜禽屠宰管理技術研究、發展、引進及技術服務。
（三）畜禽屠宰場輔導政策、法規、方案、計畫之擬訂、策劃、執行及督導。
（四）外銷肉品生產場所之畜禽屠宰場審查及管理。
（五）畜禽屠宰場管理業務人員之訓練及督導。
（六）畜禽屠宰場設立登記之審核、管理及督導。
（七）其他有關畜禽屠宰管理行政事項。
二、肉品檢查技術科：
（一）屠宰衛生檢查政策、法規、方案、計畫之擬訂、策劃、執行及督導。
（二）屠宰衛生檢查技術、程序、方法之研議、執行及督導。
（三）屠宰場微生物污染監控政策、法規、方案、計畫之擬訂、策劃、執行及督導。
（四）屠宰場微生物污染監控科技之研究、發展、引進及技術服務。
（五）屠宰衛生檢查委託業務之管理及督導。
（六）屠宰衛生檢查相關國際合作、交流及國際事務之處理。
（七）畜禽屠宰衛生檢查證明文件之簽發、查核、管理及督導。
（八）屠宰衛生檢查人員之訓練及督導。
（九）其他有關畜禽屠宰衛生檢查技術事項。
三、肉品查核取締科：
（一）畜禽屠宰管理違規取締方案、計畫之擬訂、策劃、執行及督導。
（二）畜禽屠宰管理違規取締業務之協調及聯繫。
（三）畜禽屠宰管理違規強制執行案件之處理。
（四）畜禽屠宰管理違規、申訴案件及糾紛之處理。
（五）畜禽屠宰管理違規查核取締人員之訓練及督導。
（六）督導直轄市、縣（市）政府執行化製場之化製原料（動物屍體）來源、數量及產品數量記錄查核。
（七）督導直轄市、縣（市）政府執行化製場內動物屍體委託化製、通報、查核及運輸車消毒防疫合格證之核發、有效期限、黏貼位置、換證、廢止、抽查、報備。
（八）其他有關畜禽屠宰管理違規查核取締事項。