總務課掌理下列事項：
一、動植物檢疫案件之受理、登錄及查詢事項。
二、核發動植物檢疫物品各項證明書與不合格通知書及證明書之管理。
三、檢疫、檢查規費之核計及收繳。
四、檢疫標識之領取、管理、分配、使用與統計。
五、申報發證資料、各種檢疫費率資料之調查、蒐集、整理、分析與建議。
六、營繕工程、財物、勞務之採購及管理。
七、辦公廳舍及財產之管理。
八、車輛、油脂之管理調配及電話、水電之保養維護。
九、辦公廳舍安全及保全系統之監督及管理。
十、技工、駕駛及工友之管理。
十一、文書收發分配、繕校、檔案管理及公文稽催管制。
十二、印信典守事項。
十三、圖書雜誌及出版品之典藏及管理。
十四、公文電子傳送與交換事項。
十五、款項、票據及有價證券之收支、登記、保管、移轉。
十六、收支款項報告之編製。
十七、薪津發放及行政規費收繳。
十八、各類所得資料彙整、申報稅款繳交、扣繳憑單填發事項。
十九、公款結匯及代扣款事項彙辦。
二十、業務會議之召開、記錄及決議事項之彙整、協調、辦理及列管追蹤。
二十一、本分局電腦系統之規劃、管理及操作。
二十二、其他不屬於各課室主管之事項。