大眾捷運系統工程於中華民國八十九年十二月三十日本辦法修正施行前，已依施行前規定補償完竣者，不適用本辦法修正後之補償等規定。
大眾捷運系統工程於中華民國一百年九月十九日本辦法修正施行前，已依施行前規定就捷運穿越用地之土地及建築物之補償基準公開辦理說明會者，其補償適用修正施行前之規定。