營利事業在中華民國境內僅從事準備或輔助性質之活動，自行或委託自由港區事業於自由港區內從事貨物之採購、輸入、儲存或運送，於本條例中華民國一百零七年十二月二十八日修正之第二十九條第一項施行後，依該規定申請並經自由港區管理機關審查核准者，自一百零八年度起，其銷售貨物之所得，免徵營利事業所得稅。
本條例中華民國一百零七年十二月二十八日修正之第二十九條第一項施行時，外國營利事業或其設立之分公司已依修正前規定申請或尚未逾修正前規定申請期限，於該條修正施行後經自由港區管理機關審查核准者，屬一百零七年度及以前年度之所得，適用修正前規定；屬一百零八年度以後之所得，適用修正後規定。
本條例中華民國一百零七年十二月二十八日修正之第二十九條第一項施行時，外國營利事業或其分公司已依修正前規定申請並經自由港區管理機關審查核准者，適用修正前規定，其免徵期限最長至一百十年十二月三十一日止。