為統籌自由港區之營運管理，並提供自由港區內所需之各項服務，主管機關應選定適當之機關，報請行政院核定為自由港區管理機關。
前項主管機關所選定之機關，如非其所屬機關者，應徵詢該被選定機關及其上級機關之同意。