自由港區事業違反第二十條第一項規定，未定期盤點或送海關備查，或違反第二項規定，未補登帳冊或補繳稅費者，由海關處新臺幣三萬元以上三十萬元以下罰鍰，並命其限期改正；屆期未改正者，得由海關停止其六個月以內之進儲貨物或由自由港區管理機關廢止其營運許可。