水翼船除經航政機關特准者外，僅准航行於內水或經航政機關認定之沿海區域或航線。
但在沿海區域或航線航行者，航政機關應依其船型核定其二相鄰靠泊站間之航程，航程超過二十五浬者，應設置避難站，二相鄰避難站或靠泊站與其相鄰避難站間之航程均不得超過二十五浬。
水翼船登記長度在三十公尺以上者得免設避難站。